對比前作，本片不以完整講一個故事為目標，就劇情來說，完全可以和第三部合成一作，因而劇情量不足，這導致了本片扣分最多的原因，拖沓啰嗦。 作為科幻動作片，動作成分占比過多，且大多是沒劇情推進作用的炫技打斗，部分如鬼魂雙子高速公路的打斗雖也讓人印象深刻，但因為打斗的都是程序，全程血汗全無，動作場面就像打橡膠人一樣無聊；前半部分亦有文戲過多的問題。 故事上，前作Neo在母體中被救出，覺醒成the one；現實中人類反抗軍總部錫安即將被機械軍攻陷。Neo按照Morpheus深信的預言，按先知的指示救出鎖匠，找到去Source的路，直面Matrix大boss造物主程序阻止戰爭，整個行動處處有命定的痕跡。 變數則是，意外從殺軟變成病毒的Smith，這也是后面Neo的談判籌碼。 現在看來，本片是1、3的過渡作品，交代了背景和故事走向，沒有前作讓人驚艷。